Odwołanie wraz z aktami sprawy zostaje przekazane przez organ pierwszej instancji nie później niż w terminie 14 dni od dnia jego złożenia do organu odwoławczego.
Załatwienie sprawy w postępowaniu odwoławczym powinno nastąpić nie później niż w ciągu 2 miesięcy od dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy, a sprawy, w której przeprowadzono rozprawę lub strona złożyła wniosek o przeprowadzenie rozprawy - nie później niż w ciągu 3 miesięcy.
Po rozpatrzeniu odwołania organ odwoławczy wydaje decyzję, w której:
1. utrzymuje w mocy zaskarżoną decyzję organu pierwszej instancji,
2. uchyla decyzję organu pierwszej instancji:
a. w całości lub w części – i w tym zakresie orzeka co do istoty sprawy lub uchylając tę decyzję – umarza postępowanie w sprawie,
b. w całości i sprawę przekazuje do rozpatrzenia właściwemu organowi pierwszej instancji, jeżeli decyzja ta została wydana z naruszeniem przepisów o właściwości,
3. umarza postępowanie odwoławcze,
4. uchyla decyzję organu pierwszej instancji i przekazuje sprawę do ponownego rozpatrzenia temu organowi, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części.
O każdym przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie organ zawiadamia stronę, podając przyczyny niedotrzymania terminu i wskazując nowy termin załatwienia sprawy.

Decyzja organu odwoławczego (jak również decyzja organu pierwszej instancji, od której w ustawowym terminie nie wniesiono odwołania) jest decyzją ostateczną (art. 128 Ordynacji podatkowej).